RNA-Seq
Este análisis permite obtener información del cambio de la expresión génica en distintas condiciones biológicas. Específicamente, se conocerán aquellos genes que presentan mayor cambio de su nivel de expresión.
OPCIONAL. Depleción de rRNA
El rRNA es el principal RNA presente en cualquier célula y sus lecturas son la mayoría en un análisis de RNA-Seq. Al realizar una depleción del rRNA se está eliminando la gran mayoría de estas moléculas, finalmente realizando las genotecas y su consecuente secuenciación con moléculas de RNA de interés (codificantes y no codificantes).
Esta opción está disponible para estudios en humano, rata, ratón y bacterias.
Especificaciones del Servicio
Requerimientos de las muestras:
- Concentración mínima: 12 ng/uL de RNA
- Volumen mínimo: 30 uL
Secuenciación:
- Plataforma Illumina HiSeq, lecturas 100 o 150 Pair End.
Análisis Bioinformático
- Filtrado y trimming lecturas
- Mapeo de lectura contra genoma de referencia
- Cuantificación de los transcritos en bases de datos públicas
- Análisis estadístico con corrección de p-value
- Visualización de datos transcriptómicos
- Test de enriquecimiento ontológico
Durante las distintas etapas del servicio, Ud. recibirá:
- Reporte QC muestras
- Reporte genotecas
- Reporte secuenciación
- Raw data
- Data procesada y anexos
- Reporte Final
¿Tiene usted alguna otra necesidad que no hayamos cubierto?
Servicios
- Secuenciación NGS
- Bioinformática
- Ensamble y Anotación de Genomas
- ddRAD
- Análisis de datos de Genotyping by Sequencing (GBS)
- Análisis de datos de Exomas
- Identificación de variantes de amplicones
- Análisis de datos de RNA-Seq
- Análisis de datos de smRNA
- Análisis de datos de dual RNA-Seq
- Análisis taxonómico de 16S
- Análisis taxonómico de 18S/ITS
- Análisis de datos metagenómicos
- Análisis de datos metatranscriptómicos
- Análisis de datos de Deep-sequencing viral