Metagenoma shotgun

Metagenoma shotgun

La secuenciación completa de genomas microbianos desde matrices complejas (shotgun metagenome), tales como virus, bacterias o plásmidos, puede ser útil para ensayos de calidad de alimentos en salud pública, la vigilancia de enfermedades infecciosas y estudios de epidemiología molecular, como también para estudios de metagenómicas ambientales.

Especificaciones del Servicio

Requerimientos de las muestras:

• Concentración mínima: 8 ng/uL de DNA
• Volumen mínimo: 20 uL

Secuenciación:

• Plataforma Illumina HiSeq, lecturas 100 o 150 Pair End, ~ 5Gb por muestra

Análisis Bioinformático

• Control de calidad de las lecturas y limpieza de adaptadores
• Prueba de ensambladores
• Enmascaramiento de zonas repetitivas
• Refinamiento de los ensambles
• Estadística del ensamble
• Predicción de genes
• Anotación de genes codificantes
• Anotación de genes no codificantes

Durante las distintas etapas del servicio, Ud. recibirá:

• Reporte QC muestras
• Reporte genotecas
• Reporte secuenciación
• Raw data
• Data procesada y anexos
• Reporte Final