Genotipificación por Secuenciación (GBS)

Genotipificación por Secuenciación (GBS)

Este análisis permite el descubrimiento de nuevos SNPs a partir de un gran número de muestras simultáneamente, lo cual permite realizar una genotipificación a un menor costo, siendo una alternativa más costo-efectiva que los arrays. Las aplicaciones que tiene este análisis son mapeo y/o screening genético y estudios de variedad genética en organismos con y sin genoma de referencia.

 

 

Especificaciones del Servicio

Requerimientos de las muestras:

  • Concentración mínima: 20 ng/uL de DNA
  • Volumen mínimo: 40 uL

Secuenciación:

  • Plataforma Illumina HiSeq, lecturas 100 o 150 Pair End, ~ 5Gb por muestra

Análisis Bioinformático

  • Control de calidad de lecturas
  • Estadísticas de la producción de data
  • Alineación de lecturas contra genoma de referencia (en caso que exista referencia)
  • Agrupación de lecturas de manera individual y poblacional (en caso que no exista referencia)
  • Detección de SNPs
  • Construcción de árbol filogenético

Durante las distintas etapas del servicio, Ud. recibirá:

  • Reporte QC muestras
  • Reporte secuenciación
  • Raw data
  • Data procesada y anexos
  • Reporte Final

¿Tiene usted alguna otra necesidad que no hayamos cubierto?