Análisis 18S rRNA/ITS

Análisis 18S rRNA/ITS

El RNA ribosomal 18S (o 18S rRNA) es un componente de la subunidad pequeña de los ribosomas de organismos eucariontes. El gen que codifica para el 18S rRNA permite la exploración de la diversidad de organismos eucariontes, tales como hongos, levaduras y algas, presentes en una muestra sin importar su origen, la que puede ser ambiental o provenir desde otro organismo (interacción huésped/patógeno).

Especificaciones del Servicio

Requerimientos de las muestras:

• Concentración mínima: 6 ng/uL de DNA
• Volumen mínimo: 20 uL

Secuenciación:

• Plataforma Illumina MiSeq 150 Pair End e Illumina HiSeq 250 Pair End. Entre 10.000 – 100.000 reads/muestra dependiendo de condiciones de secuenciación.

Análisis Bioinformático

• Control de calidad de las lecturas y limpieza de adaptadores
• Desmultiplexing de muestras
• Filtro de secuencias quimeras
• Control del número mínimo de reads por muestra
• Análisis de diversidad
• Generación de gráficos
• Análisis de taxas diferenciales

Durante las distintas etapas del servicio, Ud. recibirá:

• Reporte QC muestras
• Reporte genotecas
• Reporte secuenciación
• Raw data
• Data procesada y anexos
• Reporte Final